Arrivé au GPI
Table of Contents
1. L2S
- Directeur de l’unité: Pascal Bondon
- Responsable du pôle : Charles Soussen
- Responsable de l’équipe GPI : Gilles Chardon
- Administration (documents, attestation, …) : Stéphanie Douesnard
- Site web : https://l2s.centralesupelec.fr/
- Annuaire : https://l2s.centralesupelec.fr/membres/
- Le L2S est une Unité Mixte de Recherche (UMR 8506), c’est à dire avec trois tutelles qui sont l’Université Paris-Saclay, le CNRS et CentraleSupélec. Concrètement l’unité recoit des moyens humains, techniques et financiers des trois tutelles.
1.1. Missions
- Pour partir en mission (conférences, visites, formation, …) il faut soit un, soit deux, “Ordre de mission” signé par le directeur d’unité.
- Il faut identifier les crédits utiliser pour la mission, à voir avec le directeur de thèse.
- Il faut choisir son transport et son logement. En france les deux sont directement pris en charge. Pour une mission à l’étranger, le logement sera remboursé au retour de mission.
- Il faut utiliser le formulaire de demande commun au trois tutelles et l’envoyer à mailto:l2s.gestion.gpi@listes.centralesupelec.fr, après signature par le responsable des crédits.
- Le premier OM est celui de l’organisme financeur. Le deuxième est celui de l’employeur si ce n’est pas l’organisme financeur. Dans ce cas ce sera un OM dit sans frais.
- C’est le service gestion qui s’en occupe.
1.1.1. Simbad
1.1.2. FCM travel
1.2. Services
1.4. Bibliothèque
1.5. HAL
Il faut se créer un compte. Quand la premier publis sera rentré il faut définir son idHal
le contact est Delphine Le Piolet : delphine.le-piolet@centralesupelec.fr
1.6. Site web du labo
Utiliser l’adresse prenom.nom@l2s.centralesupelec.fr
et demander à
réininitaliser le mot de passe.
1.7. Ressources informatiques
1.7.1. Postes fixes du GPI
Les postes sont sous Ubuntu LTS 20.04. Il faut demander à François Orieux en cas de besoin.
1.7.2. Mesocentre
Le laboratoire a un accès au Mesocentre http://mesocentre.centralesupelec.fr/. C’est le cluster a privilégier. Il dispose de GPU.
Connaître le nombre d’heures consommées sur fusion
fusion-accounting -b '2019 01 01 00 00 00' -g $GRP -P -d hours -U
avec
$GRP
le groupe considéré (par exl2s
) regarderUwalltime_x_Ncpus_Hour
.
1.7.3. Passerelle vers CS
Pour accéder de l’extérieur au machine du laboratoire il faut utiliser une la
passerelle ssh
sshgw.ecp.fr
. Pour avoir un compte il faut envoyer une clé
publique à Thomas Cuidu.
Le mesocentre est accessible de l’extérieur.
1.7.4. Passerelle Jean Zay
- Formulaire signé par l’utilisateur et le directeur de laboratoire (en tant que resp. sécurité) pour ajouter cette nouvelle machine d’accès à Zay.
- Il s’agit de l’encadré « Ajout, modification ou suppression de machines » sur le document : http://www.idris.fr/media/data/formulaires/fgc.pdf http://www.idris.fr/media/data/formulaires/fgc.pdf.
- La machine à ajouter est « sshgw.ecp.f http://sshgw.ecp.fr/ » qui a pour adresse IP 138.195.9.7. Le compte correspond à votre login sur zay qui est anonymisé (ex : zel43po). Soumettez le document à la signature de Pascal Bondon en l’envoyant à Stéphanie Douesnard <stephanie.douesnard@l2s.centralesupelec.fr>. Puis envoyez le à gestutil@idris.fr mailto:gestutil@idris.fr.
1.7.5. Synchronisation
- Dropbox, GDrive, OneDrive, …
- L2S is a ZRR (Zone à Régime Restrictif - restricted zone). Your are normally not allowed to use such services. Same apply to GMail, your are normally not allowed to transfer your email to gmail…
- Dropbox use S3 amazon to store files. Dropbox said that files are encrypted (Amazon does not have access), but they still have access to it in clear. It is recommended to not use it.
- GDrive is identical but you give your files to Google – Alphabet.
- If you have to,
cryfs
is specifically designed to encrypt your files on such service.
- Outils CNRS
- MyCore
- Rendez-vous https://rendez-vous.renater.fr
- RENAvisio https://renavisio.renater.fr/
- Outils CentraleSupelec
- MSTeams
- GPI-NAS
Le GPI dispose d’un NAS. C’est François Orieux qui s’en occupe. Lui demander en cas de besoin. Il y a par exemple une suite web office et un wiki.
1.7.6. Backup
- Synchronisation service are not designed for backup (even if they can provides checkpoint, those are not under control and are periodically erased).
- For your backup it is recommended
- to multiply physical support (different hard drive of different brand to avoid the series law) support type, the
- eventually to have different support type (usb and hard drive for instance)
- to have different physical location.
- At least, you can have an usb hard drive from L2S and use the DejaDup backup software.
- DejaDup provides a simple and easy to use Graphical User Interface for the duplicity, with the possibility of secure remote backup (without trust in the external provider storage space)
2. Bibliographie
- Il faut utiliser zotero, avec le plugin Better BibTeX.
- Il faut également utiliser les extensions de navigateur Zotero Connector pour capturer directement un publication.
- Il faut utiliser Google Scholar pour chercher des publications.
3. LaTeX
- Logiciel : TeXstudio
- komascript
- texdoc
3.1. Slides
- Utiliser beamer
- Vidéos et multimedia dans le pdf ->
4. Python
- Use python3
- Use pipx to install standalone software from pypi like napari or black.
- Use poetry to manage python code and package (install dependency, isolate the code, …)
- Use pyenv to install various python version
- Use black to format your code
- Use flake8 to detect errors, pylint or pycodestyle (or all of them).
- Type your code and use mypy.
- Use logzero for your logs and icecream (better than
print
) - D’autres conseils
- Emacs user : use Elpy
- Vim or neovim user : use Fisa-vim-config
Links
5. Documentation, tutorials
6. Terminal
7. Labo
- Assistante :
- Gestionnaire du GPI : Sylvie Vincourt - sylvie.vincourt@l2s.centralesupelec.fr - 01 69 85 17 10)
- Administratrice : Audrey Bertinet - audrey.bertinet@l2s.centralesupelec.fr - 01 69 85 17 13
- Mailing-list :
- l2s.signaux.gpi.phd.postdoc@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.gpi.tous@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.gpi.permanents@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.gpi.stagiaires@listes.centralesupelec.fr
- l2s.phd.postdoc@listes.centralesupelec.fr
- l2s.tous@listes.centralesupelec.fr
- l2s.permanents@listes.centralesupelec.fr
- l2s.stagiaires@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.tous@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.permanents@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.phd.postdoc@listes.centralesupelec.fr
- l2s.signaux.stagiaires@listes.centralesupelec.fr
7.1. Équipements
- Téléphone : faire 0 pour sortir.
- Imprimantes : TODO
- Ressources en calcul : TODO
7.2. Missions
7.2.1. Mail d’Audrey
- Vos saisines doivent impérativement être adressées aux adresses génériques
dédiées à vos équipes (rappel des listes en bas de mail). Toute demande adressée directement à l’un des personnels de l’équipe de gestion financière est susceptible de ne pas pouvoir être traitée.
- Vos saisines doivent comporter :
- Mission : la demande d’ordre de mission dûment complétée (en pj) accompagnée des pièces requises (programme, courrier d’invitation…) –> à formuler au plus tôt (délai de rigueur : 1 mois pour les missions France ou zone verte ; 6 semaines mini pour tout voyage en pays à risques)
- Commande : devis (+argumentaire justifiant du besoin si hors marché ou si hors politique d’achat habituelle)
- Inscription à des conférences par carte achat : transmettre vos identifiants et toute information nécessaire
- Vos saisines doivent respecter un délai de prévenance :
- Mission : entre 1 et 2 mois
- Commande : 15j
- Inscription : 15j
mais le plus tôt reste le mieux !
- Vos saisines doivent être validées au préalable par le responsable des crédits qui seront utilisés (ex : responsable d’équipe, responsable de contrat, ….). Sans cette validation, vos demandes ne pourront être prises en compte.
7.2.2. Missions à l’étranger
- Repas : remboursement sans justificatif de 35% (17.5% par repas) de l’indemnité journalière (economie.gouv.fr).
- hébergement : plafonnement au montant de la facture d’hébergement dans la limite de 65% de l’indemnité journalière (economie.gouv.fr). Utilisation obligatoire du marché hébergement de CentraleSupelec et de celui de Paris-Saclay, pas de marché hébergement CNRS à l’étranger).
- Transport: utilisation obligatoire des marchés transport des tutelles.
- En cas de pays à risque, faire une demande au Fonctionnaire de Sécurité Défense (FSD)
7.2.3. Missions en france
- Repas : remboursement sans justificatif (15,25 euros par repas)
- Hébergement : utilisation obligatoire des marchés hébergement des tutelles.
- Transport: utilisation obligatoire des marchés transport des tutelles.
8. Publications - rédaction
- Signature :
Université Paris-Saclay, CNRS, CentraleSupélec, Laboratoire des signaux et systèmes, 91190, Gif-sur-Yvette, France.
- Compte pro Grammarly via CentraleSupélec.
9. Biblio - État de l’art
- bib.cnrs.fr; identification via Janus
- www.centralesupelec.fr/fr/biblotheques identification via CentraleSupélec.
- ieeexplore.ieee.org est accessible du labo
9.1. Accès biblio de l’extérieur du laboratoire
- CS propose d’ici d’accéder, après identification, aux ressources en ligne de CS (notament ieeexplore)
- PSay (lean-psay) propose un accès extérieur via une extention navigateur Lean Library
- focus psay
9.2. Lire un article
- Lire le titre, puis l’introduction, puis la conclusion.
Identifier la contribution majeure.
C’est plus facile en lisant beaucoup d’article, on repère les redondances avec les autres et les éléments qui distinguent des autres articles.
- Identifier le positionnement par rapport à l’existant.
- Identifier les questions précisent abordées et leurs méthodes pour y
répondre.
- Lire l’article en entier (méthode, résultats). Pendant cette lecture,
identifier les références qu’ils mentionnent et qui pourrait intéressé.
- Être critique sur l’article : positif, négatif, questions non
abordées, état de l’art oublié.
- Revenir sur les articles cités et les ajouter à la «reading list».
- Remplir une note rapide limitée à 5 bullets par article
- le cadre du papier (reconstruction hyperspectral / pansharpenning)
- l’originalité (estimation hyperparamètres en bayésien)
- la méthode (full bayesien avec MCMC, loi conjuguées, algorithme VBA)
- résultats (bien mais pas top, le bruit est mal estimé par exemple)
- limites, problèmes non résolues…
On peut ajouter un flag comme :
- #A: primordial pour la thèse
- #B: état de l’art de ma thèse
- #C: culture scientifique générale en signal
- #D: culture scientifique générale (physique, optique, …)
10. Python code
For each project, a directory project
organised as follow:
src
directory- package
- data (if necessary)
- “scripts” directory
- “runs” directory
- runa_
- figures
- output
- scripta.py
- scriptfiga.py
- runb_
- figures
- output
- scriptfigb.py
- …
- runa_
notebooks
directorylab.py
- package
data
directorynotes.md
(or .rst)README.md
(or .rst)
10.1. code
directory
- This directory must be versioned (with git, mercurial, fossil, …)
- It should contains a
package
directory entry_point
directory contains scripts launched from terminal or GUI if this is an applicationruns
contains a subdirectory for each test or run. A test is- an input data (eventually with a link to avoid space consumption but take care of data change)
- a script that process this data and save results in npy, hdf5, txt, or csv
format in
output
directory, using thepackage
- a script fig that process this output and generate figures in
pdf
format in thefigures
directory - if the figures are used in manuscript or the results must be kept, add a
tag
in the version control system. For instance «journal IEEE TIP preprint».
10.1.1. Code writing
- Give explicit and informative name to variables and functions (no
a
,b
,tmp
, …) - Learn your tools (read documentation, don’t reinvent the wheel, …)
- Write code for reader (and you first), then for the machine
- Python 2 is dead, use python3.6 or higher
10.2. README.md
10.3. Resources
- Scipy Lecture Notes — Scipy lecture notes
- IPython Cookbook - IPython Cookbook, Second Edition (2018)
- The Hitchhiker’s Guide to Python! — The Hitchhiker’s Guide to Python
- Python Packaging User Guide — Python Packaging User Guide
- Dive Into Python 3
- The Python Standard Library — Python 3.8.2 documentation
- The Python Tutorial — Python 3.8.2 documentation
- Python documentation
10.4. noexport
11. ssh
Accès à mon $HOME sur bebe2 (nicolas.gac-L2S est ma clef ssh privé stocké sur mon laptop) : sshfs -d -o sshcommand=’ssh -i home/parallels.ssh/nicolas.gac-L2S -J gac@casemate.lss.supelec.fr:8506’ gac@bebe2.l2s.centralesupelec.fr:/home/gac /home/parallels/L2Shome
Accès à mon $HOME sur Lab-IA (nicolas.gac-L2S est ma clef ssh privé stocké sur mon laptop) : sshfs -d -o sshcommand=’ssh -i home/parallels.ssh/nicolas.gac-L2S -J gac@casemate.lss.supelec.fr:8506’ gac@lab-ia.dsp.upsaclay.fr:/mnt/beegfs/home/gac /home/parallels/Lab-iahome
Accès à mon $HOME sur fusion (nicolas.gac-L2S est ma clef ssh privé stocké sur mon laptop) : sshfs -d -o sshcommand=’ssh -i home/parallels.ssh/nicolas.gac-L2S’ gacn@fusion.centralesupelec.fr:/home/gacn /home/parallels/fusionhome
Accès à mon $HOME sur ruche (pas réussi mais elle est en beta avec actuellement un accès seulement via fusion .. et le sshfs avec un hop en passant par fusion ne marche pas ???) : sshfs -d -o sshcommand=’ssh -i home/parallels.ssh/nicolas.gac-L2S -J gacn@fusion’ gacn@ruche.centralesupelec.fr:/gpfs/users/gacn /home/parallels/ruchehome